但无证驾驶摩托车被抓后，罚款也交了，我科一成绩会作废吗？

肯定会影响啊，按规定是你考驾照期间无证驾驶被查到出了无证驾驶的处罚外，还会被取消所有驾考成绩，也就是说你驾照考试考过了的科目全部作废，你需要重新从科目一开始考试才行。