提交离职申请不批准所以自离但是后面才发现公司跑了拖欠工资跑了

可以投诉，申请仲裁。
用人单位仍然不批准的，您可以持相关已提前通知离职的材料（如上述的邮单底单），向当地劳动监察大队投诉，要求用人单位为您办理离职手续，用人单位有拖欠工资现象的可一并提出，投诉未果，可申请劳动仲裁。
离职流程分三步走：第一步向用人单位提交辞呈。您可以提前一个月向用人单位主管部门递交辞呈，并邮寄一份辞呈到公司，在邮单上写清楚内容为辞呈，并保留底单即可。通过用人单位内部管理系统或电子邮件、VX聊天提交辞呈的，需保留相应页面的截图。
第二步做好交接工作。无论公司是否批准离职，都需要做好工作交接，如果公司有指定人员交接更好，若未指定，则可以做好工作交接清单记录好工作进程在离职前以邮件形式发给主管领导。
第三步期满离职。