学校有权扣除实习生的工资

要扣的。实习生的实习工资属于与任职、受雇无关的收入，按照现行《中华人民共和国个人所得税法(以下简称《税法》)》的规定，属于劳务报酬所得，按照《税法》第四条和第六条之规定：劳务报酬所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元;四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。适用比例税率，税率为百分之二十。法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第一条为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。第二条凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。第三条税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。第四条法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。