农村合作医疗二次报销哪个部门报销？

法律分析：二次报销可在医院的大病结算窗口和医保经办机构的结算部门报销。在医院的大病结算窗口时，在住院时使用医保卡或新农合医疗证证办理住院登记，如果就诊医院实现全国联网，那么参保人出院时，可携带相关资料前往医院的大病结算窗口直接使用医保卡报销大病费用。在医保经办机构的结算部门时，参保人出院以后，携带医保卡新农合医疗证、参保人身份证、医疗费用原始凭证、费用清单、就诊证明、病历本、出院小结等证明，前往当地医保机构申请报销大病医疗费用。法律依据：《中华人民共和国城镇职工基本医疗保险条例》第二十九条严重疾病住院治疗的医疗费，按下列办法支付：（一）起付标准原则上控制在市、县、自治县从业人员上年度年社会平均工资的9％—11％。（二）最高支付限额原则上控制在市、县、自治县从业人员上年度年社会平均工资的3—5倍。（三）起付标准以上、最高支付限额以下的医疗费，主要由统筹基金支付，个人负担一定比例。对退休人员负担医疗费的比例，给予适当照顾。严重疾病的范围，起付标准、最高支付限额的具体标准，起付标准以上、最高支付限额以下医疗费的分担比例，由省人民政府确定。第四十四条病人使用个人帐户时，可以在任何一个定点医疗机构和定点药店就医、购药。医疗费用按规定由统筹基金支付的，病人应当到指定的定点医疗机构就医。